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Los esfuerzos de Cortés por colonizar La Paz fracasaron y el asentamiento fue abandonado un año después. Fascinados con sueños de perlas y bienestar, otros trataron de establecerse en la península, pero no fue hasta 1697 que los Jesuitas arrivaron y lograron establecer un asentamiento.
Este asentamiento fue la Misión de Loreto, fundada por el Padre Juan María Salvatierra. Desde Loreto, una red de misiones se extendió, hacia el sur hasta San José del Cabo y al norte hasta Bahía de los Angeles. Pero con los misioneros y los buscadores de perlas vinieron epidemias que afectaron a los indígenas de la localidad. En la actualidad existen algunos descendientes de la población indígena original excepto en la parte norte de la península.
En 1767 los Jesuitas fueron expulsados de México y reemplazados por Franciscanos, quienes decidieron que sus intereses apuntaban al norte en la "Nueva California". Desde Loreto, Fray Junípero Serra se lanzó en 1769 en busca de una cadena de misiones que afectaran la colonización de la Alta (EUA) California.
Cuando los Dominicanos pidieron al Rey de España territorio para misiones en California, la península fue dividida en dos ordenes. La frontera original de misiones en 1773 separaba a los Dominicanos en la "Antigua" Baja California de los Franciscanos en la "Nueva" Baja California, esta localizada a 6 millas al sur de las Playas de Rosarito. La frontera política que conocemos hoy en día fue establecida en 1848 despues de la Guerra México-Estados Unidos.
El 16 de septiembre, de 1810, México inicio la guerra de independencia de España, una revolución que duraría 11 años. De 1835 a 1880, México sufrió una docena de revoluciones e invasiones extranjeras. Durante la revolución mexicana que inició en 1910, Baja California fue el sitio de varias batallas entre las fuerzas federales y revolucionarias.
A principios de siglo, Baja California estaba inundada con mineros buscadores de oro, plata y cobre. Pero no fueron rival para el medio ambiente y la península ahora muestra evidencias de sus sueños rotos.
La Prohibición de 1920 en Estados Unidos ofreció prosperidad temporal a los pueblos fronterizos mexicanos. Tijuana, Rosarito y Ensenada fueron pasajes populares para personas de sociedad y estrellas de Hollywood.
Con la terminación de la pavimentación de la Carretera Transpeninsular en 1973, una nueva línea de vida económica fue establecida con el influjo de turístas, materiales y bienes afectando grandemente el desarrollo de la península.